Mint abszolút minimum, a GNU/Linux számára is legalább 1 partíció szükséges. Ekkor az operációs rendszer egésze, az alkalmazások és a személyes fájlok is egy partíción vannak. A többség szerint feltétlenül kell egy önálló csere (swap) partíció, de ez nem feltétlen igaz. A „swap”, vagyis a cserehely analógiával élve egy firka-hely, ahol a rendszer a lemezt, mint „virtuális memória” használhatja. A swap önálló partícióra helyezésével azt a Linux sokkal hatékonyabban használhatja. Az Linux rávehető, hogy egy sima fájlt használjon erre a célra, de nem ajánlott.

A legtöbben a GNU/Linux-nek a minimálisnál több partíciót adnak. Több kisebb partíció használatára 2 jó ok is van. Ezek közül az első a biztonság. Ha valami fájlrendszer-sérülést okoz, általában csak 1 partíció érintett. Így csak a rendszer egy részét kell visszaállítani (a biztonsági mentésekből, melyeket minden jó felhasználó tart). Egy úgynevezett „gyökér partíció” mindenképpen létrehozásra kerül. Ezen helyezkednek el a rendszer legfontosabb összetevői. Ha más partíció sérül, innen még mindig el tudod indítani a telepített GNU/Linux rendszert és helyreállítani a sérült adatokat. Ez is egy biztosíték arra, hogy a rendszert soha ne kelljen az alapoktól újratelepítened.

A másik fő ok sűrűbben fordul elő az üzleti életben, de valójában attól függ, mire használod a gépet. Például, ha egy levelező kiszolgálón kívülről is fogadsz leveleket, a levél-szemét könnyen betölthet egy partíciót. Ha a /var/mail egy önálló partícióra kerül egy ilyen gépen, a rendszer többi része még ekkor is rendesen működik majd.

Több partíció használatától csak az tarthat vissza, hogy néha nehéz előre megjósolni, mire lesz szükséged. Ha egy partíció túl kicsire sikerül, akkor vagy újra kell telepíteni a rendszert, vagy folyamatosan átrakosgatod majd a tartalmát, hogy helyet szabadíts fel. Ezzel szemben, ha egy partíció túl nagy, esetleg kiesik hely, ami megfelelne másra. A lemezhely olcsó manapság, de miért pazarolnánk?