Le concept le plus important à assimiler est le système de gestion des paquets. La plus grande partie de votre système est sous le contrôle du système de gestion des paquets. Cela inclut :

Par exemple, si vous remplacez /usr/bin/perl, cela fonctionnera, mais lors de la prochaine mise à jour du paquet perl, le fichier que vous avez modifié sera remplacé. Les experts évitent cela en marquant le paquet comme « à conserver (hold) » avec l'application aptitude.

L'une des meilleures méthodes d'installation est la méthode apt. Vous pouvez utiliser la version en ligne de commande apt, ou bien des outils comme aptitude ou synaptic (qui sont des interfaces graphiques à apt). Notez qu'apt permet de fusionner plusieurs sources pour les paquets : main, contrib, non-free et non-free-firmware ; ainsi vous pouvez installer des paquets soumis à des restrictions (n'appartenant pas à Debian au sens strict) en même temps que des paquets de Debian GNU/Linux.

Certains dépôts de paquets, officiels ou non officiels, ne sont pas activés par défaut dans une installation standard de Debian. Ils contiennent des paquets que beaucoup considèrent comme des paquets importants et nécessaires à une distribution. Vous pouvez trouver des informations sur ces dépôts sur la page du wiki Debian intitulée Les logiciels disponibles pour la distribution stable de Debian.

Les différentes versions des applications sont gérées par update-alternatives. Si vous utilisez plusieurs versions de vos applications, lisez la page de manuel de update-alternatives.

Les actions dont l'administrateur a la responsabilité devraient se trouver dans le répertoire /etc, car ce sont des fichiers de configuration. Si un travail doit être répété chaque jour, semaine ou mois, mettez simplement un script ou une application exécutant cette action respectivement dans /etc/cron.daily, /etc/cron.weekly et /etc/cron.monthly. Ils seront appelés depuis /etc/crontab, et lancés consécutivement par ordre alphabétique.

D'un autre côté, si vous avez une tâche qui doit être lancée par un utilisateur particulier, ou à une heure ou à une fréquence bien précise, vous pouvez utiliser /etc/crontab, ou, mieux encore, /etc/cron.d/votre_choix. Ces fichiers possèdent aussi un champ supplémentaire qui permet de spécifier sous quelle identité l'action sera exécutée.

Dans tous les cas, vous n'avez qu'à modifier les fichiers, et cron le remarquera automatiquement. Vous n'avez pas à lancer de commandes spéciales. Pour plus d'informations, lisez cron(8), crontab(5) et /usr/share/doc/cron/README.Debian.