Il concetto più importante da apprendere è il sistema di pacchetti Debian. Essenzialmente, gran parte del sistema è sotto il controllo del sistema di gestione dei pacchetti. Sono incluse:

Per esempio, se si sostituisce /usr/bin/perl con un altro file funzionante e poi si aggiorna il pacchetto perl, il file cambiato verrà sovrascritto. Gli esperti aggirano questo problema bloccando («hold») i pacchetti tramite aptitude.

Uno dei migliori metodi di installazione è apt. Si può usare la versione a riga di comando di apt oppure strumenti come aptitude o synaptic (che sono interfacce grafiche per apt). Notare che apt permette anche di abilitare main, contrib, non-free e non-free-firmware in modo da avere sia i pacchetti con restrizioni (che non fanno ufficialmente parte di Debian) sia i pacchetti di Debian GNU/Linux.

Ci sono repository ufficiali e non-ufficiali che nella normale installazione di Debian non sono attivi. Tali repository contengono programmi che molti utenti considerano importanti. Le informazioni su questi repository addizionali possono essere trovate nella pagina del Wiki Debian intitolata The Software Available for Debian's Stable Release.

Le versioni alternative delle applicazioni sono gestite da update-alternatives. Se si gestiscono più versioni di un'applicazione, consultare la pagina man di update-alternatives.

Qualsiasi job sotto la supervisione dell'amministrazione di sistema dovrebbe trovarsi in /etc in quanto sono dei file di configurazione. Se si ha un job di cron da eseguire quotidianamente, settimanalmente o mensilmente lo si deve inserire in /etc/cron.{daily,weekly,monthly}, poi gli script in queste directory sono richiamati da /etc/crontab ed eseguiti in ordine alfabetico in modo da serializzarli.

Invece se si ha un job di cron che (a) deve essere eseguito da un utente speciale oppure (b) deve essere eseguito a orari o con una frequenza particolari si può usare /etc/crontab oppure (consigliato) /etc/cron.d/nomequalunque. Questi particolari file hanno anche una un campo aggiuntivo che permette di stabilire l'account utente con cui viene eseguito il job di cron.

In entrambi i casi si deve semplicemente modificare i file e cron si accorgerà automaticamente dei cambiamenti, non c'è bisogno di eseguire un comando speciale. Per maggiori informazioni si consulti cron(8), crontab(5) e /usr/share/doc/cron/README.Debian.