Per arrestare un sistema Debian GNU/Linux non si deve riavviare il sistema con il pulsante reset né direttamente spegnere il computer. Debian GNU/Linux deve essere arrestato in modo controllato altrimenti si potrebbero perdere file e/o si rischia di danneggiare il disco. In un ambiente desktop solitamente è disponibile nel menu delle applicazioni l'opzione per la «disconnessione» che permette anche di spegnere (o riavviare) il sistema.

In alternativa è possibile premere la combinazione di tasti Ctrl+Alt+Canc. Se le combinazioni di tasti non funzionano, è possibile accedere come utente root ed eseguire uno dei seguenti comandi: reboot per riavviare il sistema, halt per arrestare il sistema senza spegnerlo^[14]. Per spegnere la macchina usare poweroff oppure shutdown -h now. Il sistema di init systemd fornisce anche altri comandi per la effettuare le stesse operazioni; per esempio systemctl reboot oppure systemctl poweroff.