최소한의 구성으로 GNU/Linux는 자신을 위해 하나 이상의 파티션을 필요로합니다. 전체 운영 체제, 응용 프로그램, 개인 파일은 하나의 파티션에 저장됩니다. 많은 사람이 이와 swap 파티션도 필요하다고 생각하는 것 같습니다만, 이것은 엄밀하게 올바르지는 않습니다. “Swap”은 운영 체제가 가진 메모리의 임시 공간으로, 이것을 이용하면 시스템은 디스크 장치를 “가상 메모리”로 사용할 수 있게됩니다. swap을 별도의 파티션에두면, Linux에서 이용이 훨씬 더 효율적입니다. Linux 일반적인 파일을 swap으로 사용할 수 있지만 이것은 권장하지 않습니다.

하지만 대부분의 사람이 최소한 필요한 것보다 많은 파티션을 GNU/Linux에 할당합니다. 파일 시스템을 몇 개의 작은 파티션에 나누는 이유는 2 가지가 있습니다. 첫 번째는 안전성입니다. 만약 우연히 무언가가 파일 시스템을 파괴해도 일반적으로 그 영향을받는 것은 하나의 파티션만입니다. 따라서 시스템의 일부분만(잘 보관해두고 있던 백업에서) 복구하면됩니다. 이런 이유에서 “루트 파티션”은 따로 하는 것을 고려하십시오. 여기에는 시스템의 가장 기본적인 구성 부분이 들어 있고, 만약 다른 파티션에 손상이 생기더라도, Linux를 시작하여 시스템을 바로잡을 수 있습니다. 시스템을 처음부터 다시 설치해야하는 듯한 문제를 막을 수 있습니다.

두번째 이유는 보통 업무용 컴퓨터에서 더 중요하지만, 컴퓨터를 어떻게 사용하느냐에 따라 다릅니다. 예를 들어 대량을 스팸 메일을 받는 메일 서버에서는 금방 파티션 하나가 꽉 찹니다. 그 메일 서버에서 /var/mail을 별도의 파티션에 만들었다면, 스팸메일을 받더라도 시스템의 다른 부분은 계속 동작합니다.

파티션 여러 개의 사용할 경우 유일한 단점은, 파티션에 필요한 크기를 미리 알기 힘들다는 점입니다. 파티션을 너무 작게 만들면 시스템을 새로 설치하거나 그 파티션에 있는 파일을 자주 다른 파티션으로 옮겨야 합니다. 반면 파티션을 너무 크게 만들면 다른 곳에서 쓸 수 있는 용량을 낭비하는 셈이 됩니다. 디스크 가격이 저렴해 졌지만 낭비할 필요는 없습니다.