Найважливіша концепція, яку потрібно зрозуміти — це система пакунків Debian. Більшою частиною система керується через систему пакунків. Це включає:

. Наприклад, якщо замінити /usr/bin/perl, це спрацює, але після оновлення пакунка perl збережені там файли будуть замінені. Досвідчені користувачі можуть обійти це перевівши пакунок в aptitude у стан «hold» (утримання).

Один з найкращих способів установки — це apt. Можна користуватися як командою apt у вікні термінала, так і інструментами aptitude або synaptic (які є лише графічним інтерфейсом для apt). Зауважте, що apt також дозволяє поєднати main, contrib, non-free, and non-free-firmware, тож Ви можете мати доступ до обмежених пакунків (кажучи прямо, які не є частиною Debian) так само й водночас як і пакунки з Debian GNU/Linux.

Існують офіційні та неофіційні репозиторії програмного забезпечення, які типово не доступні під час встановлення Debian. Вони містять програми, які для когось можуть бути важливими та необхідними. Інформацію про ці додаткові репозиторії можна знайти на Debian сторінці Wiki The Software Available for Debian's Stable Release (Програмне забезпечення, доступне для стабільних випусків Debian).

Альтернативні версії програм керуються через update-alternatives. Якщо Ви обслуговуєте різні версії програм, ознайомтеся зі сторінкою man update-alternatives.

Усі періодичні завдання, пов’язані з адмініструванням системи мають бути у /etc, оскільки це файли конфігурації. Якщо у Вас є адміністративні завдання cron для щоденного, щотижневого або щомісячного запуску, розмістіть їх у /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Вони викликатимуться з /etc/crontab та виконуватимуться в алфавітному порядку.

З іншого боку, якщо у Вас є завдання cron, яке (які) потрібно запускати від імені спеціального користувача, або їх потрібно запускати в певний час або з якоюсь певною частотою, можна використовувати /etc/crontab або, ще краще, /etc/cron.d/що-завгодно. У цих конкретних файлах також є додаткове поле, яке дозволяє вказати обліковий запис користувача, від імені якого виконуватиметься завдання cron.

У будь-якому випадку Ви просто редагуєте файли, і cron це помітить автоматично. Нема потреби запускати якусь спеціальну команду. Для отримання додаткової інформації перегляньте cron(8), crontab(5) та /usr/share/doc/cron/README.Debian.