要掌握的最重要概念是 Debian 的软件包系统。事实上，您系统的绝大部分都应该由软件包系统来控制。包括：

例如，假设您替换了 /usr/bin/perl，它可以正常工作，但以后升级您的 perl 软件包，那里的文件将被替换。有经验的用户可以在 aptitude 里面将软件包设置为 “hold”状态，以避免这种情况。

apt 是最好的安装方法之一。您可以使用命令行模式的 apt-get ，还有 aptitude 或 synaptic 那样的工具（只是 apt 的图形化前端）。注意，apt 还可以让您合并 main、contrib、non-free 和 non-free-firmware，从而您可以同时具有限制的软件包（严格地讲不属于 Debian ）以及来自 Debian GNU/Linux 的软件包。

有一些官方或非官方的软件库，在默认的 Debian 安装下并未打开。它们之中含有一些重要的必备软件。关于这些软件库的信息放在 Debian Wiki 页面 The Software Available for Debian's Stable Release。

可选版本的应用程序可以通过 update-alternatives 来管理。如果您维护着应用程序的多个版本，请阅读 update-alternatives 的 man 手册。

任何系统管理员权限内的任务都必须位于 /etc 内，这是因为它们都是配置文件。如果您有一些需要以管理员身份每天(daily)、每周(weekly)或每月(monthly)运行的定时任务，请将它们放置在 /etc/cron.{daily,weekly,monthly} 中。它们将在 /etc/crontab 中被激活，然后按照文件名的字典顺序依次运行。

另一方面，如果您有某个定时任务 (a) 需要以某个特定的用户身份运行，或者 (b) 需要在某个特定时刻或以特定周期运行，您可以使用 /etc/crontab，或者更好的 /etc/cron.d/whatever。这些特殊的文件可以包含一个额外的域，允许您指定运行该定时任务的用户帐户。

在任何情况下，您只需编辑这些文件，cron 将会自动处理它们。没有必要再运行某个特殊的命令。欲了解更多的信息，请参阅 cron(8)、crontab(5) 和 /usr/share/doc/cron/README.Debian。