最小化情況下，GNU/Linux 需要一個分割區。您可以有一個包含整個作業系統，應用程式以及您個人檔案的分割區。大多數人認為另建一個的置換分割區是有必要的，雖然嚴格來說它並不正確。 “Swap” 是一個作業系統用的空白空間，允許系統使用磁碟來提供 “虛擬記憶體”。通過置換空間至一個分離的分割區，Linux 可以有效地使用它。強迫 Linux 使用一個一般檔案作為置換空間也是可行的，但是並不建議這種做法。

大多數人選擇給 GNU/Linu 比最小化更多的分區。有兩個原因可能使您願意把檔案系統打散放置到一些較小的分區上。第一個問題是安全性，如果檔案系統出現了問題，一般來說只有一個磁區會受到影響。因此，您只需要更換(來自於您小心維護的備份)一個磁區。在最小化階段，您應該考慮建立所謂的 “根分割區”。它含有最主要的系統組件。如果其它分割區出現了問題，您仍可以進入至 GNU/Linux 來修復系統。這樣您可以不必從頭重新安裝系統。

第二個理由對商業設置來說更重要，但它實際上取決於您機器的使用。比如，一個郵件伺服器接受到很多垃圾郵件會很快填滿一個分割區，如果您建立 /var/mail 在一個分離的分割區上面，大多數系統在您得到太多垃圾郵件的情況下會繼續工作。

使用更多分割區的唯一缺點是很難預先知道您將來的需求。如果您建立了一個太小的分割區，則您可能需要重新安裝系統或者不停地移動資料以增加分割區空間。除此之外，如果您建立的分割區過大，您將浪費一些可以用在別的地方的空間。硬碟容量目前很便宜，但是為什麼要浪費呢？