Για να κλείσετε ένα σύστημα Debian GNU/Linux σε λειτουργία, δεν θα πρέπει να επανεκκινήσετε το μηχάνημα από το κουμπί reset στο μπροστινό ή πίσω μέρος του μηχανήματος ούτε απλά να κλείσετε το μηχάνημα. Το Debian GNU/Linux θα πρέπει να τερματιστεί με έναν ελεγχόμενο τρόπο, διαφορετικά μπορεί να χάσετε αρχεία ή/και να προκύψει ζημιά στον δίσκο σας. Αν τρέχετε ένα περιβάλλον γραφείου εργασίας, υπάρχει συνήθως διαθέσιμη η επιλογή «log out» από το μενού των εφαρμογών που σας επιτρέπει να κλείσετε (ή να επανεκκινήσετε) το σύστημα.

Εναλλακτικά μπορείτα να πατήσετε τον συνδυασμό πλήκτρων Ctrl+Alt+Del . Αν οι συνδυασμοί πλήκτρων δεν δουλεύουν, μια τελευταία επιλογή είναι να μπείτε στο σύστημα ως χρήστης root και να πληκτρολογήσετε τις κατάλληλες εντολές. Χρησιμοποιήσετε την εντολή reboot για να επανεκκινήσετε το σύστημα. Χρησιμοποιήσετε την εντολή halt για να σταματήσετε το σύστημα χωρίς να το κλείσετε εντελώς. ^[14]. Για να κλείσετε εντελώς το σύστημα, χρησιμοποιήστε τις εντολές poweroff ή shutdown -h now. Το σύστημα εκκίνησης systemd παρέχει επιπλέον εντολές που επιτελούν τις ίδιες λειτουργίες· για παράδειγμα, systemctl reboot ή systemctl poweroff.