Η πιο σημαντική έννοια που θα πρέπει να κατανοήσετε είναι το σύστημα πακέτων του Debian. Στην ουσία, μεγάλα μέρη του συστήματός σας θα πρέπει να θεωρηθούν ότι είναι κάτω από τον έλεγχο του συστήματος πακέτων, Αυτά περιλαμβάνουν τα:

. Για παράδειγμα, αν αντικαταστήσετε το /usr/bin/perl αυτό θα δουλέψει, αλλά τότε αν αναβαθμίσετε το πακέτο σας της perl, το αρχείο που βάλατε εκεί θα αντικατασταθεί. Οι πιο έμπειροι χρήστες μπορούν να παρακάμψουν κάτι τέτοιο βάζοντας πακέτα στην κατάσταση αναμονής («hold») στο aptitude.

Μια από τις καλλίτερες μεθόδους εγκατάστασης είναι το apt. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την εκδοχή του στη γραμμή εντολών apt καθώς και εργαλεία όπως το aptitude ή το synaptic (που είναι απλά γραφικά frontend για την εντολή apt). Σημειώστε επιπλέον ότι το apt θα σας επιτρέψει, επίσης, να συνδυάσετε τις αρχειοθήκες main, contrib, non-free και non-free-firmware, ώστε να μπορείτε να έχετε ταυτόχρονα διαθέσιμα και περιορισμένα πακέτα (που αυστηρά μιλώντας δεν ανήκουν στο Debian) και πακέτα από το Debian GNU/Linux.

Υπάρχουν επίσημα αλλά και ανεπίσημα αποθετήρια λογισμικού που δεν είναι ενεργοποιημένα στην προκαθορισμένη εγκατάσταση του Debian. Αυτά περιέχουν λογισμικό που αρκετοί χρήστες το θεωρούν σημαντικό και περιμένουν να είναι διαθέσιμο. Πληροφορίες σχετικά με το λογισμικό αυτό μπορούν να βρεθούν στην ιστοσελίδα Debian του Wiki με τίτλο The Software Available for Debian's Stable Release.

Εναλλακτικές εκδόσεις των εφαρμογών διαχειρίζονται από το update-alternatives. Αν έχετε διαφορετικές εκδόσεις κάποιων εφαρμογών συμβουλευτείτε τη σελίδα χρήσης του update-alternatives.

Οποιεσδήποτε εργασίες υπό την επίβλεψη του διαχειριστή του συστήματος θα πρέπει να βρίσκονται στον κατάλογο /etc μιας και είναι αρχεία ρυθμίσεων. Αν έχετε μια τέτοια περιοδική εργασία σαν χρήστης root για ημερήσια, εβδομαδιαία ή μηνιαία εκτέλεση τοποθετήστε τις αντίστοιχα στον κατάλογο /etc/cron{daily,weekly,monthly}. Αυτές καλούνται από το /etc/crontab και τρέχουν με αλφαβητική σειρά που έτσι τις σειριοποιεί.

Από την άλλη, αν έχετε μια περιοδική εργασία που (α) χρειάζεται να τρέχει από έναν ειδικό χρήστη ή (β) χρειάζεται να τρέχει σε συγκεκριμένες χρονικές στιγμές ή συχνότητα, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε είτε το /etc/crontab,είτε ακόμα καλλίτερα τον κατάλογο /etc/cron.d/"ο,τιδήποτε". Τα αρχεία στον κατάλογο αυτό έχουν ένα επιπλέον πεδίο που σας επιτρέπει να ορίζετε τον χρήστη που εκτελεί αυτή την περιοδική εργασία.

Σε κάθε περίπτωση, εσείς απλά εκδίδετε τα αρχεία και το cron θα τα ενημερώσει αυτόματα. Δεν υπάρχει ανάγκη να τρέξετε κάποια ειδική εντολή. Για περισσότερες πληροφορίες δείτε τις σελίδες χρήσης cron(8), crontab(5),και το /usr/share/doc/cron/README.Debian.