Debianin paketointijärjestelmä on tärkein käsitteistä jotka olisi ymmärrettävä. Lyhyesti sanottuna, järjestelmässä on suuria osia joiden hallinnoinnista vastaa paketointijärjestelmä. Näitä osia ovat:

Jos esimerkiksi tiedosto /usr/bin/perl korvataan, se onnistuu mutta päivitettäessä paketti perl korvatun tiedoston päälle kirjoitetaan. Asiantuntevat käyttäjä voivat kiertää tämän pulman ”jäädyttämällä” paketin komennolla aptitude.

One of the best installation methods is apt. You can use the command line version of apt as well as tools like aptitude or synaptic (which are just graphical frontends for apt). Note that apt will also let you merge main, contrib, non-free, and non-free-firmware so you can have restricted packages (strictly speaking not belonging to Debian) as well as packages from Debian GNU/Linux at the same time.

There are official and unofficial software repositories that are not enabled in the default Debian install. These contain software which many find important and expect to have. Information on these additional repositories can be found on the Debian Wiki page titled The Software Available for Debian's Stable Release.

Usein on samaan tarkoitukseen useita sovelluksia. Komennon update-alternatives avulla voidaan valita oma mielisovellus käyttöön jos tarjolla on useita. Kannattaa lukea man-sivu komennolle update-alteranatives.

Kaikkien järjestelmän ylläpitäjän tehtäviin liittyvien tiedostojen tulisi sijaita hakemistossa /etc koska siellä on asetustiedostoja. Pääkäyttäjän ajastetut tehtävät päivittäin, viikoittain tai kuukausittain suoritettaviksi olisi tallennettava hakemistoihin /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Ne käynnistetään tiedostosta /etc/crontab, ja suoritetaan aakkosjärjestyksessä yksi kerrallaan.

Toisaalta, jos ajastettu tehtävä on (a) suoritettava tietyn käyttäjän oikeuksilla tai (b) suoritettava tiettyyn aikaan tai toistettava määrävälein, käytetään joko tiedostoa /etc/crontab tai mieluummin /etc/cron.d/jotain. Näissä nimenomaisissa tiedostoissa on myös lisäkenttä, joka määrää minkä käyttäjän oikeuksilla ajastettu tehtävä suoritetaan.

Kummakssakin tapauksessa muokataan tiedostoja ja cron havaitsee muutoksen automaattisesti. Erikoiskomentoja ei tarvitse käynnistää. Lisätietoa löytyy man-sivuilta cron(8), crontab(5) ja tiedostosta /usr/share/doc/cron/README.Debian.