Egy futó Debian GNU/Linux rendszer leállításához nem szabad az újraindító (reset) gombot használni, vagy csak kikapcsolni a gépet. Ehelyett szabályozottan tesszük ezt, így a fájlok vagy a lemez nem sérülhet. Ha asztali környezetet futtatsz, általában megleled a „kijelentkezés” pontot a környezet menüjében, mellyel leállíthatod (vagy újraindíthatod) a rendszert.

Más esetben legtöbbször használhatod a Ctrl+Alt+Del billentyűket. Ha ezek a billentyűkombinációk nem működnek, végső lehetőségként rendszergazdaként bejelentkezve használhatod a következő parancsok valamelyikét. A reboot parancs újraindítja a rendszert. A halt parancs kikapcsolás nélkül állítja le a rendszert ^[15]. A gép kikapcsolásához a poweroff vagy a shutdown -h now parancsok használhatók. A systemd init renszer biztosít ezen kívül még egyéb parancsokat is, amik ugyanezeket a funkciókat látják el: például systemctl reboot vagy systemctl poweroff.