A legfontosabb, amit meg kell értenünk, a Debian csomagkezelő rendszer. A rendszer legnagyobb részét ez kezeli. Így például:

Például, ha lecseréled a /usr/bin/perl fájlt, működni fog, de ha frissül a rendszereden a perl csomag, az felülírja majd. Haladó felhasználóként viszont visszafogásba („hold”) teheted a csomagot például az aptitude paranccsal indítható felület segítségével.

A telepítés egyik legjobb módja az apt. Ennek több felülete létezik, például az apt parancssoros felület, valamint az aptitude, synaptic és hasonló eszközök (amelyek csak grafikus felületek az apt-hoz). Az apt a fő, vagyis main tárolók mellett a contrib, non-free és non-free-firmware nevűeket is tudja kezelni, így, ha esetleg ezeket is használnád, korlátozott csomagjaid éppúgy lesznek (amelyek szigorúan véve nem részei a Debian-nak), mint Debian GNU/Linux-tól származóak.

Vannak olyan hivatalos vagy nem hivatalos szoftver tárak, amik alapból nem engedélyezettek a Debian telepítő számára. Ezek olyan szoftvereket tartalmaznak, amiket sokan hasznosnak találnak, és elvárnak. Információ ezekről a tárakról a Debian Wiki oldalon találhatók: A Debian Stabil Kiadás számára elérhető szoftverek.

Az alkalmazások párhuzamos verzióit az update-alternatives kezeli. Ha egyes alkalmazásaid egyszerre több változatát is karbantartod, olvasd el az update-alternatives kézikönyv oldalát.

Minden a rendszergazda hatáskörébe tartozó cron feladatnak a /etc könyvtárban kell lennie, mivel ezek a cron szempontjából beállítófájlok. Ha van egy napi, heti vagy havi rendszergazdai cron feladatod, tedd a /etc/cron.{daily,weekly,monthly} könyvtárba. A /etc/crontab meghívja őket, és ABC-rendben futtatja.

Illetve, ha van egy cron feladatod, amit speciális (a) felhasználóként (b) időpontban vagy gyakorisággal kell futtatnod, használd a /etc/crontab vagy, még jobb, a /etc/cron.d/amit_akarsz fájlt. E fájloknak extra mezőik vannak, melyekkel megadhatod e feltételeket.

Csak szerkeszd e fájlokat és a cron magától észreveszi. Nem kell különleges parancsot futtatnod. A további adatokat lásd a cron(8) és crontab(5) lapokon és a /usr/share/doc/cron/README.Debian fájlban.